Mehanizmi dugoročnih promjena u ekosustavu sjevernog Jadrana, koji se odražavaju na njegovo trofičko stanje, učestalost i intenzitet prirodnih pojava kao što su izražene hipoksije, pojave “sluzavih makroagregata“ i slične prirodne pojave neuobičajenog intenziteta.
Procesi nastajanja i tokova organske tvari u prvim karikama trofičkog lanca; mikrofitoplanktonu i mikrobnoj petlji, posebno u područjima horizontalnih i vertikalnih gradijenata.
Procjena relativne važnosti globalnih klimatskih i oceanografskih uvjeta i/ili antropogenih utjecaja na promjene u ekosustavu sjevernog Jadrana.