Sistematika, ekologija i biogeografija odabranih skupina makrobentoske faune (Gastropoda, Bivalvia, Polychaeta), makrofitobentosa (alge i morske cvjetnice) i meiofaune (Nematoda).
Struktura i dinamika obalnih i bentoskih zajednica otvorenih voda Jadranskog mora, s posebnim osvrtom na osjetljiva, ugrožena i zaštićena područja.
Biodiverzitet zajednica i staništa Jadranskog mora.
Utjecaj prirodnih čimbenika na bentoske zajednice Jadranskog mora (salinitet, temperatura, kisik, tip morskog dna, sastav sedimenta…).
Utjecaj antropogenih čimbenika na promjene u bentoskim zajednicama Jadranskog mora (eutrofikacija, utjecaj marikulture, urbano i industrijsko onečišćenje, utjecaj različitih ribolovnih alata, degradacija zajednica hridinastog dna zbog nedozvoljenog izlova prstaca, gradnja na obali, fragmentacija i destrukcija prirodnih staništa).
Ekologija i širenje invazivnih vrsta i njihov utjecaj na bentoske zajednice.
